次氯酸水的PH值，ORP值以及主要殺菌物質HCLO分子特征直接影響殺菌效果。PH值上升會影響電解水中HCLO的含量，其殺菌能力也逐漸降低，當PH值超過9.0時，電解水的殺菌能力與NaCLO的殺菌能力基本相同。電解水的殺菌能力隨其ORP值的下降而降低，當ORP值下降到500Mv一下時，其殺菌能力大大降低，HCLO作為殺菌的主要物質，其濃度直接影響殺菌效果，當提高微酸性次氯酸水的PH值時，會促進HCLO的離子進化程度，降低其殺菌能力。

同時水的硬度也是影響次氯酸殺菌的主要因素之一，由于各個國家和不同地區自來水的硬度不同，在電解過程中，會影響微酸性次氯酸水的質量和電極的壽命，進而影響消毒效果。研究表明，水硬度為29mg/L的自來水比水硬度為12mg/L的地下水產生微酸性電解水更好。加入鹽酸和鹽類的混合物，可以增強水的硬度，HCL 和KCL結合的電解質比HCL和Nacl結合的電解質更容易生成次氯酸水